VisualRepbase: an interface for the study of occurrences of transposable element families (2008)
Tempel, Sébastien, Jurka, Matthew, Jurka, Jerzy
Abstract Background Repbase is a reference database of eukaryotic repetitive DNA, which includes prototypic sequences of repeats and basic information described in annotations. Repbase already has...
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-césar Lerman, Sophie Valin, Ivan Couée, ...
Motivation: The analysis of repeated elements in genomes is a fascinating domain of research that is lacking relevant tools for transposable elements, the most complex ones. The dynamics of...
application to the study of a family (2008)
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-césar Lerman, Anne-sophie Valin, Ivan Couée, ...
doi:10.1093/bioinformatics/btl337
Modeling local repeats on genomic sequences (2008)
Nicolas, Jacques, Rousseau, Christine, Siegel, Anne, Peterlongo, Pierre, Coste, François, Durand, Patrick, ...
This paper deals with the specification and search of repeats of biological interest, i.e. repeats that may have a role in genomic structures or functions. Although some particular repeats such as...
Modeling local repeats on genomic sequences (2008)
Nicolas, Jacques, Rousseau, Christine, Siegel, Anne, Peterlongo, Pierre, Coste, François, Durand, Patrick, ...
This paper deals with the specification and search of repeats of biological interest, i.e. repeats that may have a role in genomic structures or functions. Although some particular repeats such as...
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la...
Tempel, Sébastien, Nicolas, Jacques, El Amrani, Abdelhak, Couée, Ivan
Helitrons are a class of prolific transposable elements in the Arabidopsis thaliana genome. Although 37 families were identified after the recent discovery of helitrons, no systematic classification...
Tempel, Sébastien, Nicolas, Jacques, El Amrani, Abdelhak, Couée, Ivan
Helitrons are a class of prolific transposable elements in the Arabidopsis thaliana genome. Although 37 families were identified after the recent discovery of helitrons, no systematic classification...
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la...
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la...
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la...
Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale (2007)
Veber, Philippe, Tempel, Sébastien, Andonov, Rumen, Lavenier, Dominique, Nicolas, Jacques
Nous proposons une approche pour faire apparaître les domaines structurant une famille de séquences génomiques. Cette approche repose sur l'hypothèse que les unités fonctionnellement pertinentes...
Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale (2007)
Veber, Philippe, Tempel, Sébastien, Andonov, Rumen, Lavenier, Dominique, Nicolas, Jacques
Nous proposons une approche pour faire apparaître les domaines structurant une famille de séquences génomiques. Cette approche repose sur l'hypothèse que les unités fonctionnellement pertinentes...
Tempel, Sébastien, Giraud, Mathieu, Lavenier, Dominique, Lerman, Israël-César, Valin, Anne-Sophie, Couée, Ivan, ...
Motivation: The analysis of repeated elements in genomes is a fascinating domain of research that is lacking relevant tools for transposable elements (TEs), the most complex ones. The dynamics of...
Tempel, Sébastien, Giraud, Mathieu, Lerman, Israel, Couée, Ivan, El-Amrani, Abdellak, Nicolas, Jacques
Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes (2005)
Nicolas, Jacques, Durand, Patrick, Ranchy, Grégory, Tempel, Sébastien, Valin, Anne-Sophie
BIOINFORMATICSAPPLICATIONS NOTE (2005)
Genome Analysis, Jacques Nicolas, Patrick Dur, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-sophie Valin
Suffix-tree analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in chromosomes
Suffix-tree analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in chromosomes (2005)
Nicolas, Jacques, Durand, Patrick, Ranchy, Grégory, Tempel, Sébastien, Valin, Anne-Sophie
Summary: We have developed STAN (suffix-tree analyser), a tool to search for nucleotidic and peptidic patterns within whole chromosomes. Pattern syntax uses a string variable grammar-like formalism...
Suffix-Tree ANalyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in chromosomes (2005)
Nicolas, Jacques, Durand, Patrick, Ranchy, Grégory, Tempel, Sébastien, Valin, Anne-Sophie
Summary: we have developed STAN, a tool to search for nucleotidic and peptidic patterns within whole chromosomes. Pattern syntax uses a String Variable Grammar-like formalism which allows the...